ウィルスや細菌を攻撃の手段とする考えは紀元前からあり、実際使用されることもあったが、いずれの場合もこれまでの経験から病気になると考え使用したものであり、科学的な手法に基づくものではない。ウィルスや細菌を人工的に培養して攻撃の手段としての使用を考えるようになるのは20世紀に入ってからである。
ただし、見方によっては変わる。例えば、中世の包囲戦において包囲下にある城・都市にペストなどの感染症による死者の遺体を投棄し、感染症の発生を狙ったこと、また18世紀北アメリカのフレンチ・インディアン戦争で、英国軍が天然痘患者の使用した毛布をインディアンに配布。インディアンの患者の半数が死亡した。天然痘は、患者の使用した物品からも感染することがあり、それを狙ったのである。
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また、国際法により生物兵器の製造、貯蔵は禁止されていたため表だった開発はされていないが、冷戦期には一部の国で極秘に生物兵器が開発されていたというのは公然の秘密となっている。とはいうものの前述の通り、兵器として使うには実効性に問題があり、化学兵器のように大規模に使用されたことはない。
それでも生物兵器の保有を目指す、テロ組織が絶えないことから先進国の軍隊では対生物兵器部隊を保有する場合が多い。